病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以在医院由医生操作。比如对于单个的软疣，医生常用的方法是用镊子将软疣小体挤出，然后涂抹碘酊等进行消毒，这个过程相对简单，通常在医院诊室就能完成，一般处理一次可能就有效果。
物理治疗方法
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣的疣体刮除，操作时要注意彻底刮除软疣小体，之后局部可能会有轻微的出血或结痂，一般1 - 2周就能愈合。冷冻治疗： 利用液氮的低温使软疣组织坏死脱落。冷冻治疗后局部可能会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，一般需要1 - 3次治疗才能完全去除软疣，每次冷冻间隔约2 - 3周。
药物辅助治疗
维A酸类药物： 外用维A酸乳膏等可能对软疣有一定的辅助治疗作用，它可以调节皮肤细胞的分化，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周才能看到效果，而且对于皮肤有一定刺激性，使用时要避免接触正常皮肤。三氯醋酸： 局部涂抹三氯醋酸可以腐蚀软疣组织，不过在涂抹时要准确，避免损伤周围正常皮肤，使用后局部会有结痂，待结痂脱落后观察软疣是否去除干净，必要时可能需要再次涂抹。
日常注意事项
避免搔抓： 患者要尽量避免搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒扩散，引起更多的软疣出现，或者传染给身体其他部位以及他人。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换衣物，尤其是贴身的衣物，防止病毒在皮肤上滋生和传播。在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，避免接触可能被污染的物品。增强免疫力： 适当进行体育锻炼，保持良好的作息和饮食，有助于提高身体的免疫力，这对软疣的恢复也有一定帮助，比如每天可以进行30分钟左右的有氧运动，饮食上多吃蔬菜水果，保证营养均衡。