病毒性软疣主要通过局部治疗来治愈，比如可以采用刮除术，这是比较常用的方法，一般在正规治疗下能较快改善。
局部治疗方法
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣小体完全刮除，然后涂以2%碘酊，这样可以起到防止感染的作用。操作相对简单，能直接去除疣体。液氮冷冻： 利用低温使软疣组织坏死脱落。通常需要多次治疗，一般间隔2 - 3周进行一次，治疗后局部可能会有轻度肿胀，数日后消退。
药物辅助治疗
斑蝥素： 可以涂在软疣表面，它能引起局部炎症反应，促使疣体脱落，但使用时要注意避免接触正常皮肤，防止对正常皮肤造成损伤。三氯醋酸： 具有腐蚀性，能腐蚀软疣组织使其坏死。不过使用时要准确涂抹，避免过多接触周围皮肤，以免引起刺激。
日常注意事项
保持皮肤清洁： 患者要注意保持皮肤的清洁卫生，勤洗澡，洗澡时避免过度搓擦皮肤，防止皮肤破损导致病毒传播到其他部位或者感染。避免搔抓： 患病部位不要搔抓，因为搔抓可能会导致疣体破损，病毒会接种到正常皮肤上，引起新的皮疹。而且搔抓还可能引起皮肤感染。个人物品单独使用： 患者使用的毛巾、衣物等个人物品要单独存放，不与他人混用，防止病毒传染给他人。比如毛巾要定期消毒，可以用开水烫洗等方式。