病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以在医院由医生操作。比如夹除是比较常用的方法，医生会用镊子将软疣小体夹破，挤出内容物，然后外涂碘酊等防止感染，这个过程相对简单，通常能较快处理。
局部治疗方法
镊子夹除： 医生会先用碘伏消毒软疣部位，然后用特制的镊子将软疣小体逐个夹破，挤出里面的白色乳酪样物质，这是比较直接有效的方法，操作后局部可能会有轻微的创面，要注意保持清洁。冷冻治疗： 利用低温液氮使软疣组织坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，这个过程可能需要1 - 2周左右，冷冻治疗对于较大的软疣或者多个软疣聚集的情况也适用。激光治疗： 通过激光的高温烧灼作用去除软疣。激光治疗相对来说创伤可能更小一些，但术后也需要注意护理，避免感染，一般治疗后局部会有结痂，要让痂皮自然脱落。
日常注意事项
避免搔抓： 病毒性软疣会有轻微的瘙痒感，但要尽量避免用手搔抓，因为搔抓可能会导致病毒自身接种，使软疣数量增多。比如搔抓一个软疣后，病毒可能会传播到周围皮肤，引起新的软疣生长。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤洗澡、勤换衣物。尤其是贴身的衣物，要选择棉质透气的，避免与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止交叉感染。比如与他人共用毛巾，可能会将病毒传染给他人，同时也可能因为接触了被污染的毛巾而使自身其他部位感染。增强免疫力： 平时要注意合理饮食，保证营养均衡，适当进行体育锻炼，以提高身体的免疫力。比如每天进行30分钟左右的有氧运动，像快走、慢跑等，有助于增强身体的抵抗力，对病毒性软疣的恢复也有帮助。
特殊人群的处理
儿童患者： 儿童患上病毒性软疣时，家长要更加细心护理。比如儿童皮肤比较娇嫩，在治疗过程中要配合医生，按照医生的要求进行局部处理，同时要防止儿童搔抓，家长可以给儿童剪短指甲。孕妇患者： 孕妇如果患上病毒性软疣，处理起来要更加谨慎。一般不建议采用一些可能有较大刺激性的治疗方法，如激光治疗等，多会选择相对温和的局部处理方式，并且要在医生的严密监测下进行，确保对胎儿没有不良影响。