尿道炎通常是由病原体感染引起的，常见的病原体有大肠杆菌等，大约50%的尿道炎是由大肠杆菌导致的。
病原体感染因素
细菌感染： 最常见的是大肠埃希菌，它容易在尿道定植引发感染。比如女性尿道短而宽，更易受到大肠杆菌等细菌的侵袭。另外，金黄色葡萄球菌、变形杆菌等也可能引起尿道炎。支原体、衣原体感染： 支原体中的解脲脲原体、人型支原体，衣原体中的沙眼衣原体等感染也会引发尿道炎。性行为是这类病原体传播的重要途径，比如有多个性伴侣的人群感染风险相对较高。
尿道局部因素
尿道梗阻： 如尿道结石、狭窄等情况会导致尿液排出不畅，尿液在尿道内潴留，为病原体滋生提供了有利条件，容易引发尿道炎。例如尿道结石患者，结石阻塞尿道后，尿液淤积就增加了感染尿道炎的几率。尿道损伤： 外界暴力导致尿道损伤，或者尿道器械检查等医源性损伤，使尿道黏膜受损，防御能力下降，从而容易让病原体入侵引发炎症。比如进行尿道镜检查后，若没有做好护理，就可能引发尿道炎。
机体免疫力低下
自身免疫力差： 当人体自身免疫力较低时，比如长期患有慢性疾病、过度劳累、营养不良等情况，身体对病原体的抵御能力减弱，就更容易受到病原体侵袭而引发尿道炎。例如长期患有糖尿病的患者，由于血糖控制不佳，机体免疫力下降，比普通人更易发生尿道炎。局部免疫力下降： 比如尿道局部的防御机制受到破坏，也会增加尿道炎的发病风险。像一些女性在经期，局部环境改变，局部免疫力可能下降，就容易出现尿道炎。