肠道功能紊乱的症状较多，常见的有消化系统相关症状和全身伴随症状等。一般来说，约有30% - 40%的肠道功能紊乱患者会出现消化系统方面的典型表现。
消化系统常见症状
腹痛： 多表现为腹部隐痛或胀痛，疼痛部位不固定，可能在肚脐周围或下腹部等。疼痛程度不一，有的较轻，可自行缓解；有的可能持续较长时间。比如部分患者会在进食后出现腹痛，随后可能伴有腹泻等情况。腹泻： 大便次数增多，每日可达3 - 5次甚至更多，大便质地较稀，可为糊状或水样便。有些患者可能是餐后即泻，也就是一吃东西很快就想上厕所排便。例如一些肠道功能紊乱的患者，早上起床后可能会有一次较急的排便，大便不成形。便秘： 与腹泻相反，表现为排便困难，大便干结，排便次数减少，每周可能少于3次。有的患者感觉排便不尽，即便有便意但很难排出。比如有的患者好几天才排一次便，而且大便像羊粪蛋一样干结。
全身伴随症状
失眠多梦： 约有20% - 30%的肠道功能紊乱患者会出现睡眠方面的问题，表现为入睡困难、多梦、易醒等。因为肠道不适可能会影响神经系统的调节，进而干扰睡眠。例如一些患者因为夜间腹部不适，导致睡眠质量下降，第二天精神状态不佳。焦虑抑郁： 长期肠道功能紊乱可能会引发心理方面的问题，约15% - 25%的患者会出现不同程度的焦虑或抑郁情绪。肠道内的菌群变化以及神经 - 内分泌 - 免疫网络的失衡可能与心理状态的改变相关。比如有的患者因为长期受肠道症状困扰，变得情绪低落，对很多事情提不起兴趣。
其他不典型症状
恶心呕吐： 少数肠道功能紊乱患者会出现恶心，偶尔伴有呕吐症状，尤其是在进食不恰当食物后更容易诱发。比如食用了过于油腻或刺激性的食物后，就可能出现恶心想吐的情况。疲劳乏力： 由于肠道功能紊乱影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，约有40%左右的患者会感到疲劳乏力，精神状态较差。例如患者会感觉整天没什么力气，活动后更容易疲惫。