手足口病主要的传染源是感染了肠道病毒的人。其中，患病的儿童是非常重要的传染源，在发病后的1周内传染性较强。
一、患病的儿童
分点1：发病初期传染性强：手足口病患儿在发病后的前1-2周内，呼吸道分泌物、疱疹液以及粪便中都含有大量肠道病毒，此时很容易将病毒传播给他人。比如，一个3岁左右的手足口病患儿，其口腔内的疱疹液中就存在大量病毒，能通过飞沫等方式传染给周围密切接触的人。分点2：粪便携带病毒传播：患儿的粪便中也会带有肠道病毒，如果粪便污染了环境、物品等，其他人接触到被污染的物品后，再接触口部等部位就可能被感染。
二、隐性感染者
分点1：无明显症状却排毒：有些感染了肠道病毒但没有出现手足口病典型症状的隐性感染者，他们自身没有发病，但体内携带肠道病毒，也能排出病毒，成为传染源。例如，一些5岁左右的孩子感染了肠道病毒后，没有出现手足口病的皮疹、发热等表现，但依然可以通过呼吸道分泌物等排出病毒，将病毒传播给其他孩子。分点2：传播不易被察觉：由于隐性感染者没有明显症状，不容易被发现，所以更容易在人群中悄悄传播病毒，增加了手足口病传播的风险。
三、病毒在环境中的存活
分点1：在外界环境可存活一段时间：肠道病毒在外界环境中，比如在物体表面、玩具等上面能存活数天甚至数周。如果被污染的玩具没有得到及时有效的消毒，其他儿童接触到被污染的玩具后就可能感染手足口病。例如，在幼儿园的玩具上，如果有手足口病患儿留下的病毒，其他孩子玩了这个玩具就有被传染的可能。分点2：潮湿环境利于存活：在潮湿的环境中，肠道病毒存活的时间可能会更长。比如在潮湿的教室地面等地方，病毒能存活较久，增加了传播的机会。