大拇指指甲凹凸不平的原因可能是多种疾病的表现，以下是一些常见原因：
1.指甲感染：如灰指甲，由真菌感染引起，会导致指甲变形、增厚、颜色改变，同时可能伴有指甲周围皮肤的红肿、瘙痒等症状。
2.营养不良：缺乏维生素、铁、钙等营养素，可能影响指甲的正常生长，导致指甲凹凸不平。
3.扁平苔藓：一种自身免疫性疾病，可累及皮肤和指甲，表现为指甲变薄、凹陷，同时伴有皮肤的扁平丘疹。
4.银屑病：俗称牛皮癣，除了皮肤损害外，也可能影响指甲，导致指甲出现点状凹陷、纵嵴、增厚、变色等。
5.湿疹：手部湿疹可能导致指甲出现纵嵴、粗糙、凹陷等改变。
6.其他：外伤、系统性疾病（如糖尿病、心脏病）、药物副作用等也可能引起指甲异常。
如果发现大拇指指甲凹凸不平，建议及时就医，进行相关检查，以确定具体原因。医生可能会根据具体情况进行进一步的诊断和治疗。同时，保持良好的指甲护理，避免过度修剪、使用刺激性化学品等，也有助于维持指甲的健康。