干燥综合征的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为遗传因素在其中起到一定作用，比如有研究显示约10%的干燥综合征患者有家族遗传倾向。
遗传因素方面
人类白细胞抗原（HLA）： 特定的HLA基因与干燥综合征的发病相关。例如HLA - DR3、HLA - DRw52等基因位点在干燥综合征患者中出现的频率高于正常人群。这表明遗传背景使得某些人群更容易患上干燥综合征。
免疫因素方面
自身抗体异常： 患者体内会产生多种自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体可以攻击自身的唾液腺、泪腺等外分泌腺体，导致腺体受损，出现干燥的症状。例如抗SSA抗体阳性的人群患干燥综合征的风险相对较高，而且这类抗体还可能影响胎儿的心脏等器官，导致新生儿狼疮等并发症。免疫细胞异常： T淋巴细胞和B淋巴细胞的功能异常参与了干燥综合征的发病。B淋巴细胞过度活化，产生大量自身抗体；T淋巴细胞的调节功能失衡，不能有效调控B淋巴细胞的过度反应，从而引发自身免疫性的炎症反应，破坏外分泌腺体。
感染因素方面
病毒感染： 某些病毒可能与干燥综合征的发病有关。例如EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究发现，在干燥综合征患者的唾液腺组织中可以检测到EB病毒的相关成分，丙型肝炎病毒感染也可能诱发或加重干燥综合征的病情。病毒感染可能通过多种机制激活免疫系统，导致自身免疫反应的发生，进而损伤外分泌腺体。