衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。男性感染衣原体时，可能出现尿道刺痒、烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频。晨起时尿道口可发现少量黏液性分泌物，或仅表现为痂膜封口或裤裆污秽。女性感染衣原体后，宫颈炎是较为常见的表现，多数患者无症状，有症状者主要表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血等。另外，衣原体感染还可能引发盆腔炎，患者会出现下腹痛、发热、阴道异常出血等症状，严重时可能导致输卵管粘连、阻塞，引起不孕或异位妊娠。
男性衣原体感染症状特点
尿道不适表现： 男性感染衣原体后，早期尿道会有刺痒感，这种刺痒可能会持续数天甚至数周。同时，还会有烧灼感，排尿时疼痛比较明显，有的患者排尿频率会增加，出现尿频症状，但一般没有严重的尿急表现。分泌物情况： 晨起时，部分男性会发现尿道口有少量黏液性分泌物，有时候分泌物会形成痂膜封住尿道口，或者弄脏裤裆。
女性衣原体感染症状情况
宫颈炎表现： 很多女性感染衣原体引发宫颈炎时并没有明显症状，有症状的女性主要是阴道分泌物增多，分泌物呈黏液脓性。另外，在性交后可能会出现出血情况。盆腔炎表现： 如果衣原体感染进一步引发盆腔炎，患者会出现下腹部疼痛，疼痛程度因人而异，有的是隐痛，有的较为剧烈。同时可能伴有发热症状，体温一般在38℃左右，还会出现阴道异常出血，比如非经期阴道流血等。
衣原体感染的其他可能表现
新生儿感染风险： 孕妇如果感染衣原体，分娩时新生儿通过产道可能会被感染，引发结膜炎，表现为眼结膜充血、有分泌物等；还可能引起肺炎，出现呼吸增快、咳嗽等症状。男性其他部位感染： 少数男性衣原体感染可能会累及附睾，导致附睾炎，出现附睾肿大、疼痛、触痛等表现。