衣原体肺炎的症状表现多样，常见的有呼吸系统症状和全身症状等。一般来说，衣原体肺炎起病相对较缓，数日后才出现呼吸道症状。
呼吸系统症状表现
咳嗽： 多为刺激性干咳，可持续较长时间，有的患者咳嗽症状会持续数周甚至数月。例如，部分儿童感染衣原体肺炎后，会出现较为顽固的干咳，夜间咳嗽可能会相对明显一些。咳痰： 一般咳痰量较少，痰呈白色黏液状。少数病情较重的患者可能会出现少量黏痰，偶尔痰中可能带有血丝，但这种情况相对较少见。
全身症状表现
发热： 体温可呈低热或中度发热，体温一般在37.5℃~39℃之间波动，发热可持续1~3周左右。比如有些患者会出现持续数天的低热情况，体温不是很高，但会持续存在。乏力： 患者会感觉全身没有力气，活动耐力下降，即使进行轻微的活动也容易感到疲惫。部分患者会明显感觉到身体虚弱，精神状态不佳。
其他伴随症状
咽痛： 咽喉部可能会有不适感或轻微疼痛，吞咽时疼痛可能会稍有加重，但一般疼痛程度不剧烈。头痛： 少数患者会出现头痛症状，疼痛程度因人而异，有的是轻微的头部隐痛，有的可能是较为明显的胀痛，但通常不会出现剧烈的头痛症状。