治疗脑梗并没有绝对最有效的单一药物，通常需根据发病时间等情况选择不同药物。一般在发病4.5小时内符合条件的患者可考虑使用阿替普酶等溶栓药物，但这类药物有严格的使用时间窗和适应症等限制。
溶栓类药物
阿替普酶： 是一种重组组织型纤溶酶原激活剂，能激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。但必须在发病4.5小时内由专业医生评估后使用，超过时间窗可能无法使用。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议脑梗患者在无禁忌证时长期服用，可降低复发风险。但有胃肠道出血等病史的患者需谨慎使用。氯吡格雷： 作用机制是选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合及继发的ADP介导的糖蛋白GPⅡb/Ⅲa复合物的活化，从而抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可考虑使用，不过也可能有出血等不良反应风险。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、抑制脂质过氧化的作用，能减轻脑梗死引起的神经症状、改善日常生活活动能力和功能障碍。可用于改善急性脑梗死所致的神经症状、日常生活活动能力和功能障碍，但使用时需注意可能出现肝功能损害等不良反应。胞磷胆碱钠： 可以增强脑干网状结构上行激活系统的机能，增强锥体系统的机能，改善运动麻痹，促进大脑功能恢复和促进苏醒。对脑梗后的神经功能恢复有一定帮助，但具体疗效个体差异较大。
改善脑循环药物
丁苯酞： 能改善脑缺血区的微循环和血流量，增加缺血区毛细血管数量，促进脑血管新生，从而改善脑缺血区的供血供氧。可用于治疗轻、中度急性缺血性脑卒中，但有严重出血倾向的患者禁用。