灰指甲主要是由皮肤癣菌等真菌感染引起的。据统计，约30%的成人患有不同程度的甲真菌病，也就是灰指甲。
真菌直接感染引起
皮肤癣菌感染： 皮肤癣菌是引发灰指甲最常见的真菌类型，像红色毛癣菌、须癣毛癣菌等都可能入侵指甲。这些真菌会在指甲部位生长繁殖，破坏指甲的正常结构，导致指甲变色、增厚、变形等。比如，当皮肤接触到带有皮肤癣菌的物品后，真菌就可能慢慢感染指甲。酵母菌感染： 念珠菌属的酵母菌也能引起灰指甲，尤其在免疫力较低的人群中更易发生。像白色念珠菌，它会从指甲周围的皮肤侵入指甲，使指甲出现浑浊、表面凹凸不平的情况。
自身因素增加感染风险
免疫力低下： 当人体免疫力下降时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人，对真菌的抵抗力减弱，就更容易被真菌感染引发灰指甲。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫功能受到影响，指甲感染真菌后不容易恢复。指甲外伤： 指甲受到外伤，比如被重物砸到、剧烈碰撞等，会使指甲的屏障功能受损，真菌就容易趁虚而入。比如经常从事重体力劳动的人，指甲受伤的概率较高，相对更容易患上灰指甲。
环境因素创造感染条件
潮湿环境： 长期处于潮湿的环境中，比如经常手足多汗、居住环境潮湿等，为真菌的生长提供了有利条件。像在浴室、游泳池等湿度大的地方工作或活动的人，指甲长时间接触潮湿环境，感染灰指甲的几率会增加。公共卫生条件差： 在公共浴池、健身房等公共场合，真菌容易传播。如果共用拖鞋、毛巾等个人物品，就很可能感染上灰指甲的致病菌。比如在公共浴室光着脚走路，就有感染皮肤癣菌的风险。