扁桃体发炎常用的药物有抗生素类和对症治疗药物等。一般来说，细菌感染引起的扁桃体发炎，常用青霉素类或头孢类抗生素。比如青霉素类中的阿莫西林，对大多数引起扁桃体发炎的链球菌等有较好的抗菌作用。
抗生素类药物
青霉素类： 像阿莫西林，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌有效，可用于敏感菌引起的扁桃体发炎。但对青霉素过敏者禁用。头孢类： 头孢菌素类药物也常用于扁桃体发炎，例如头孢拉定。它能阻碍细菌细胞壁的合成，从而达到杀菌效果。不过，使用前需确认患者对头孢类药物无过敏史，有青霉素过敏性休克史者禁用。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当扁桃体发炎伴有发热、咽痛时，可使用对乙酰氨基酚。它能通过抑制前列腺素的合成，起到解热镇痛的作用，成人及12岁以上儿童可以使用，但严重肝肾功能不全者禁用。还有布洛芬，也有解热镇痛效果，12岁以上儿童及成人适用，不过严重消化道溃疡患者禁用。糖皮质激素： 如果扁桃体发炎症状严重，出现高热不退等情况，可能会短期使用糖皮质激素，如地塞米松。但糖皮质激素使用有严格的适应症和剂量要求，需在医生评估后谨慎使用，长期使用可能会有一些副作用，如免疫力下降等。
局部用药
含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液，它有消毒防腐的作用，能清洁口腔，减轻扁桃体发炎引起的咽部不适。使用时按照说明书稀释后含漱。还有氯己定含漱液，能抑制细菌生长、杀菌，有助于缓解扁桃体发炎的局部症状，但不宜长期使用，以免引起口腔黏膜变色等情况。含片： 比如度米芬含片，能吸附细菌表面的阴离子，改变细菌细胞膜通透性，从而发挥杀菌作用，可缓解扁桃体发炎带来的咽喉不适，但对本品过敏者禁用。还有碘喉片，含服后逐渐释放碘，有杀菌、收敛作用，能减轻炎症，但孕妇及哺乳期妇女慎用。