小孩智力低下的原因有多种，其中遗传因素较为常见，约占智力低下病因的20%左右。比如某些染色体异常疾病，像21-三体综合征（唐氏综合征），就是由于染色体数目异常导致小孩智力明显低于正常水平。
遗传代谢性疾病导致
先天性甲状腺功能减退症：如果新生儿出生后未及时发现并治疗先天性甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响神经系统发育，从而引发智力低下。这种疾病可以通过新生儿筛查早期发现。苯丙酮尿症：这是一种常染色体隐性遗传代谢病，由于患儿体内缺乏苯丙氨酸羟化酶，导致苯丙氨酸及其酮酸蓄积，并从尿中大量排出。如果不限制饮食中苯丙氨酸的摄入，会影响大脑发育，造成智力低下，一般在新生儿筛查中可被检出。
孕期因素影响
母体感染：孕妇在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，导致胎儿智力低下。例如，孕妇在怀孕早期感染风疹病毒，约10% - 20%的胎儿会出现先天性风疹综合征，表现为智力低下、白内障、心脏病等多种畸形。孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触铅、汞等重金属，或者长期处于放射性环境中，会影响胎儿大脑的正常发育，增加小孩智力低下的风险。比如长期接触铅污染的环境，铅会损害胎儿的神经系统，影响智力发育。
出生时及出生后因素
出生时缺氧：新生儿出生时发生窒息、缺氧，会导致脑部缺氧缺血性损伤，影响大脑的正常功能，进而引发智力低下。据统计，出生时缺氧导致的智力低下约占所有智力低下病例的10% - 15%。新生儿疾病：新生儿期患有严重的黄疸，未得到及时有效的治疗，发展为核黄疸，会损伤脑神经，尤其是基底核、海马体等部位，从而造成智力低下。此外，新生儿期患脑膜炎等严重感染性疾病，也可能影响脑部发育，导致智力低下。