慢性直肠炎的症状多样，常见的有腹泻，多数患者会出现反复发作的腹泻情况，每天排便次数可能在数次到十余次不等，粪便多为糊状，可含有黏液、脓血等。
肠道不适表现
腹痛情况：部分患者会有腹部隐痛的症状，疼痛程度一般较轻，多在左下腹或下腹部，疼痛性质可为胀痛、隐痛等。有些患者在排便前腹痛会较为明显，排便后可有所缓解，但也不是所有患者都会出现明显腹痛。里急后重：患者总有排便不尽的感觉，频繁产生便意，但每次排便量不多。比如明明刚排过便，却仍觉得肛门坠胀，还想再次排便，但往往只能解出少量粪便，甚至只是黏液。
全身相关症状
乏力：由于肠道长期慢性炎症，身体处于慢性消耗状态，患者会感到全身乏力，精神状态欠佳，日常活动容易疲惫，影响生活和工作。消瘦：如果病情持续时间较长，营养物质吸收受到影响，患者可能会出现体重下降、消瘦的情况。尤其是儿童患者，长期的慢性直肠炎可能会影响其生长发育，导致体重增长缓慢甚至减轻。
其他伴随症状
消化不良：患者可能出现食欲减退的情况，对食物的消化和吸收功能变差，吃一点东西就感觉腹胀，不容易消化，可能还会伴有恶心、呕吐等症状，但一般程度较轻。发热：少数患者病情活动时可能会出现低热，体温一般在37.5℃~38℃左右，不过也有部分患者不会出现发热症状。如果出现高热，就要考虑是否有合并其他感染等情况发生。