急性肾小管酸中毒的原因有多种。一般来说，原发性急性肾小管酸中毒可能与遗传因素有关，比如某些遗传性肾小管功能缺陷疾病，会导致肾小管结构或功能异常，进而引发急性肾小管酸中毒。
原发性因素
遗传基因突变： 部分患者存在特定的遗传基因突变，影响肾小管上皮细胞的功能，使得肾小管在酸碱平衡调节等方面出现障碍。例如，某些编码肾小管转运蛋白的基因发生突变，就可能导致急性肾小管酸中毒的发生。先天性肾小管发育异常： 胎儿在发育过程中，肾小管的发育出现先天性缺陷，比如肾小管的形态、结构异常，影响了肾小管正常的重吸收和分泌功能，从而引发急性肾小管酸中毒。
继发性因素
自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，免疫系统会攻击自身的肾小管组织，导致肾小管受损，影响其正常的酸碱调节功能，进而引发急性肾小管酸中毒。据统计，约有一定比例的自身免疫性疾病患者会并发急性肾小管酸中毒。药物或中毒因素： 一些药物可能会对肾小管造成损害，从而引发急性肾小管酸中毒。例如，长期服用某些过期变质的药物或者某些具有肾毒性的药物，如氨基糖苷类抗生素等，这些药物会损伤肾小管细胞，影响肾小管的功能，导致酸碱平衡失调。另外，重金属中毒，如铅中毒、汞中毒等，也会损害肾小管，引发急性肾小管酸中毒。肾脏疾病： 某些肾脏疾病也可能继发急性肾小管酸中毒。比如慢性肾盂肾炎，长期的肾盂肾炎会反复损伤肾小管，导致肾小管功能逐渐减退，出现酸碱平衡紊乱，引发急性肾小管酸中毒。还有梗阻性肾病，尿液排出受阻，长时间会影响肾小管的正常功能，进而引发急性肾小管酸中毒。