可通过妊娠囊情况、血 hCG 变化等初步区分。自然流产通常能检测到妊娠囊，生化妊娠一般无妊娠囊。
一、自然流产
自然流产时，超声检查可发现宫腔内有妊娠囊等结构。血 hCG 会先上升后下降，且下降幅度相对较缓，同时可能伴有腹痛、阴道流血等症状，妊娠囊会有排出等表现。不同年龄、体质的女性，自然流产的表现可能有差异，比如年龄较大女性身体恢复可能相对较慢等。
二、生化妊娠
生化妊娠时，超声检查看不到宫腔内有妊娠囊。血 hCG 数值较低，一般在短时间内就会明显下降，多表现为月经推迟几天，然后有类似月经的阴道流血，流血量可能和平时月经量相近或稍多。对于有过生化妊娠经历的女性，再次备孕时需注意身体调养等。