可从妊娠时间、血hCG变化及超声表现来区分。生化妊娠一般发生在妊娠5周内，血hCG短暂升高后下降，超声看不到孕囊；自然流产妊娠时间相对较长，血hCG有变化且超声能发现孕囊等异常情况。
妊娠时间差异
自然流产通常发生在妊娠6周及以后，有相对较长的妊娠过程；而生化妊娠多在妊娠5周内，妊娠时间很短。
血hCG变化不同
生化妊娠时血hCG会短暂升高，一般小于2000IU/L，之后迅速下降；自然流产时血hCG先升高后下降，但下降过程相对复杂，且数值变化范围更广。
超声表现有别
生化妊娠时超声检查宫腔内看不到孕囊；自然流产时超声可发现宫腔内有孕囊、胚胎等组织的异常表现，如孕囊形态异常等。对于有妊娠相关情况的人群，若出现阴道流血、腹痛等异常，应及时就医检查，以便准确判断是自然流产还是生化妊娠，不同情况处理方式不同，医生会根据具体情况进行相应的医疗处置。尤其对于有过妊娠相关不良史的女性，更要密切关注自身状况，及时获取专业医疗帮助。