病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，其中约80%是由肠道病毒引起，如柯萨奇病毒、埃可病毒等。
病毒直接侵犯引发
肠道病毒入侵： 肠道病毒是引发病毒性脑炎常见的病毒类型之一，它主要通过消化道传播，比如接触被污染的水源或食物后容易感染。这些病毒会直接侵入人体，然后通过血液循环到达脑部，从而引发病毒性脑炎。疱疹病毒相关： 单纯疱疹病毒也是导致病毒性脑炎的重要病原体。它可以分为1型和2型，1型主要引起口唇周围疱疹等，也能侵犯脑部；2型主要与生殖器疱疹相关，但也可能在特定情况下侵犯中枢神经系统，引发病毒性脑炎。
人体免疫反应导致炎症
免疫机制异常： 当病毒侵入人体后，人体的免疫系统会被激活来对抗病毒。但在这个过程中，免疫系统可能会出现异常反应，导致脑部的炎症反应。例如，免疫系统产生的一些细胞因子等物质可能会过度释放，这些物质会损伤脑部的神经组织，引发病毒性脑炎的一系列症状。自身免疫参与： 部分病毒性脑炎的发生还可能涉及自身免疫机制。病毒感染后，人体的免疫系统可能错误地将脑部的某些组织当作外来病原体进行攻击，从而导致脑部出现炎症病变，影响脑部的正常功能。
易患人群及相关因素
儿童群体： 儿童的免疫系统相对较弱，更容易受到病毒的侵袭。尤其是5岁以下的儿童，由于身体的免疫防御功能还不完善，接触到肠道病毒等病原体时，感染病毒性脑炎的风险相对较高。免疫力低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，他们的身体免疫力处于较低的状态，对病毒的抵御能力减弱。当接触到能够引发病毒性脑炎的病毒时，就更容易被感染发病。比如艾滋病患者，由于免疫系统被HIV病毒破坏，自身抵抗其他病毒的能力大幅下降，感染疱疹病毒等引发病毒性脑炎的几率就会增加。