2岁宝宝发烧39℃，首先要在医生指导下进行处理。一是药物治疗，二是物理降温，且降温过程中需密切观察孩子情况。
一、药物治疗：
1.对于发烧39℃的宝宝，可口服退烧药来控制体温，如布洛芬或乙酰氨基酚，也可将退热栓塞入肛门进行治疗。
(1)若用退烧药后温度明显下降，且不反复发烧，体温基本得到控制。
(2)若退烧药后体温下降不明显或总是反复发烧，则需前往医院检查，明确病因后进行针对性治疗。
二、物理降温：
1.可给孩子进行温水浴来帮助散热。
2.用温水擦拭额头、腋下等部位降低宝宝体温。
3.让孩子多喝水，促进身体代谢，通过排尿帮助降温，但要注意保暖，避免着凉加重病情。
总之，对于2岁宝宝发烧39℃的情况，要及时采取有效的措施来降温，并根据具体情况进行相应处理和观察。