2岁宝宝发烧39℃，首先要采取的措施包括在医生指导下进行药物治疗，同时配合物理降温，且在降温过程中需密切观察孩子状况。具体如下：
一、药物治疗：对于发烧达39℃的宝宝，可通过口服如布洛芬或乙酰氨基酚等退烧药来调控体温，也可将退热栓塞入肛门进行治疗。(1)若使用退烧药后温度显著下降，且未出现反复发烧情况，那么体温基本得到控制；(2)若使用退烧药后体温下降不明显，或者老是出现反复发烧，则需前往医院检查，明确病因后进行针对性治疗。
二、物理降温：可以给孩子洗温水浴以帮助散热，还能使用温水擦拭额头、腋下等部位来降低宝宝体温，同时要让孩子多喝水，以促进身体代谢，通过尿液排出的方式帮助孩子降温，但务必注意做好保暖，防止着凉而加重病情。
总之，2岁宝宝发烧39℃时，要及时通过药物和物理方法进行降温处理，并密切关注宝宝状态，根据具体情况采取进一步措施。