呆小症主要是由于甲状腺激素合成或分泌不足引起的。胎儿或婴幼儿时期甲状腺功能低下，就可能导致呆小症。其中约70%的病例是因母体孕期饮食中缺碘，使得胎儿甲状腺激素合成不足所致。
母体因素导致
孕期缺碘： 女性在怀孕期间，如果饮食中摄入碘不足，就会影响胎儿甲状腺激素的合成。因为碘是合成甲状腺激素的重要原料，母体缺碘会让胎儿从母体获取的碘不够，进而造成胎儿甲状腺激素分泌不足，增加胎儿患呆小症的风险。一般来说，孕期每日需保证足够的碘摄入，推荐量是230微克左右。母体甲状腺疾病： 孕妇自身患有某些甲状腺疾病，比如自身免疫性甲状腺炎等，会影响甲状腺激素的正常合成与分泌，从而影响胎儿的甲状腺功能，导致胎儿甲状腺激素不足引发呆小症。
胎儿自身因素
甲状腺发育异常： 胎儿在发育过程中，甲状腺发育出现问题，比如甲状腺缺如或者发育不全等，就无法正常合成足够的甲状腺激素，进而可能引发呆小症。这种情况是胎儿自身甲状腺发育的先天性缺陷导致的。甲状腺激素合成酶缺陷： 胎儿体内编码甲状腺激素合成相关酶的基因发生突变，使得甲状腺激素合成所需的酶出现缺陷，影响甲状腺激素的合成过程，最终导致甲状腺激素缺乏，引发呆小症。这是由于基因层面的问题导致甲状腺激素合成出现障碍。
其他因素
早产因素： 早产儿相对足月儿更容易出现甲状腺功能暂时不足的情况，虽然大多数早产儿的甲状腺功能会逐渐恢复，但如果早产儿甲状腺功能恢复不及时，也有可能增加患呆小症的风险。一般早产儿出生后需要密切监测甲状腺功能。低出生体重因素： 低出生体重儿往往在各方面的发育包括甲状腺功能发育上可能相对滞后，其甲状腺激素的合成、分泌等功能可能受到一定影响，若不能及时纠正，也可能与呆小症的发生相关。低出生体重儿通常需要更精细的监测和护理来保障甲状腺功能正常。