hPV16阳性的治疗需要根据具体情况来定，一般来说可以通过增强免疫力以及针对相关病变进行处理等。比如部分hPV16阳性患者可在数月到2年内靠自身免疫力清除病毒，但也有需要干预的情况。
自身免疫清除为主的情况
人体自身免疫系统有清除hPV病毒的能力，大约有80%的hPV感染是一过性的，在1-2年内会被免疫系统清除，特别是年轻女性抵抗力相对较好时更易出现这种情况。所以发现hPV16阳性后，首先要保持良好的生活习惯，保证充足睡眠，每天尽量保证7-8小时的睡眠，让身体有良好的恢复状态。同时要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜水果、牛奶、鸡蛋等，以增强身体抵抗力帮助清除病毒。
针对宫颈病变的处理
如果hPV16阳性导致了宫颈病变，比如宫颈低度病变，一般可以观察随访，每6-12个月复查hPV和宫颈TCT（薄层液基细胞学检查），看病变是否有自行消退的可能。而如果是宫颈高度病变，可能需要进行物理治疗，如激光治疗、冷冻治疗等，通过物理方法破坏病变组织，促进宫颈恢复正常。
药物辅助干预情况
目前有一些药物可以辅助增强免疫力来帮助清除hPV病毒，比如干扰素类药物，它可以调节机体免疫功能，抑制病毒的复制，但使用这类药物需要在医生的指导下进行，不能自行随意用药。不过药物干预只是辅助手段，主要还是依靠自身免疫力来发挥作用。需要注意的是，hPV16阳性患者要避免高危性行为，防止病毒进一步传播给他人。同时要定期进行相关检查，密切关注自身宫颈等部位的健康状况，如果出现异常症状，如阴道不规则出血、阴道分泌物异常增多等要及时就医。