涎腺囊肿主要是由于涎腺导管损伤或阻塞导致唾液潴留而形成的。其中，创伤是引发涎腺囊肿较为常见的病因，比如小孩在玩耍时咬伤唇部、颊部等部位的涎腺导管，就可能导致涎腺囊肿，这种情况在儿童群体中相对多见。
一、创伤因素导致
咬伤导致： 日常生活中，比如儿童在进食较硬食物或者嬉笑打闹时，不慎咬伤口腔内的涎腺导管，唾液无法正常排出，就会在局部潴留形成囊肿。一般来说，这种因咬伤引发的涎腺囊肿，多发生在颊黏膜、下唇等部位。医源性损伤： 在口腔医疗操作过程中，比如拔牙、正畸等治疗时，如果不小心损伤了涎腺导管，也有可能引起涎腺囊肿。不过这种情况相对创伤因素中的咬伤来说，发生概率较低，但也需要引起重视。
二、导管系统异常因素
导管发育异常： 部分人先天存在涎腺导管发育异常的情况，比如导管狭窄、迂曲等，这会使得唾液排出不畅，长期以往就容易导致唾液潴留形成囊肿。这种先天性的导管发育异常引发的涎腺囊肿，从出生后就可能存在潜在的发病风险，但往往在儿童或青少年时期才会被发现并表现出来。导管结石堵塞： 涎腺导管内如果形成结石，会堵塞导管，导致唾液排出受阻，进而引起涎腺囊肿。虽然导管结石相对不是最常见的病因，但也有一定的发病可能，而且结石的形成可能与唾液中某些成分的异常沉积等因素有关。
三、其他潜在因素
感染因素： 涎腺部位如果发生感染，可能会导致导管口狭窄或者导管内壁的炎性改变，从而影响唾液的正常排出，增加涎腺囊肿的发生风险。不过相对来说，感染因素引发涎腺囊肿是在创伤、导管异常等基础上可能继发出现的情况。不良生活习惯： 长期的不良口腔卫生习惯，比如不按时刷牙、口腔内细菌滋生较多等，可能会间接影响涎腺导管的通畅性，但这并不是直接导致涎腺囊肿的主要原因，不过也是需要关注的一个方面，良好的口腔卫生有助于维持涎腺导管的正常功能。