月经结束第三天，通常指月经干净第三天。月经干净第三天一般不太会怀孕，但也有极少数情况会怀孕。
一、一般不会怀孕。对于多数平时月经较为规律、一个月左右来一次的女性而言，在月经干净第三天时，通常还未进入排卵期。即便此时同房且未采取避孕措施，精子进入女性体内，然而等到排卵时，精子已萎缩并失去活性，不具备使卵子受精的能力，所以一般情况下不会怀孕。
二、少数情况下会怀孕。这种情况常见于月经不规律的女性，其排卵期并不固定，有可能在月经干净第三天就发生排卵，如果此时没有进行避孕，就有可能形成受精卵，从而导致怀孕。
总之，月经干净第三天怀孕的可能性因个体月经情况的不同而有所差异。