月经结束第三天，通常指月经干净第三天。一般来说月经干净第三天不太可能怀孕，但也有特殊情况会导致怀孕。
一、一般不会怀孕
对于大多数平时月经较为规律，周期在一个月左右的女性而言，在月经干净第三天时，尚未进入排卵期。即便此时同房且未采取避孕措施，精子进入女性体内，但等到排卵时，精子已萎缩并失去活性，不具备使卵子受精的能力，所以通常情况下不会怀孕。
二、少数情况下会怀孕
这种情况多见于月经不规律的女性，其排卵期并不固定，有可能在月经干净第三天就出现排卵。此时若没有进行避孕，就有可能形成受精卵，进而导致怀孕。
总之，月经干净第三天怀孕的可能性有一般和特殊两种情况，主要取决于女性的月经规律与否及排卵时间。