睡醒起来眼睛疼可能由多种原因导致，主要包括眼疲劳、麦粒肿、结膜炎等。
一、眼疲劳：如果睡前长时间熬夜使用手机、电脑等电子设备，就容易引发眼疲劳，进而出现眼睛干涩、疼痛等表现。对此可采取局部热敷的方式来改善。在日常中一定要注意合理用眼，避免过度用眼。
二、麦粒肿：这通常是由细菌感染引起的急性化脓性炎症，会有眼部疼痛、充血等症状。可在医生指导下使用红霉素眼膏、左氧氟沙星滴眼液等药物进行改善，同时要注意保持眼部清洁，避免感染加重。
三、结膜炎：这是一种常见的结膜组织炎症性疾病，一般会出现眼睛发红、疼痛等不适。可遵医嘱使用阿昔洛韦滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物进行缓解，平时切不可用脏手揉眼睛，以免引发感染。
此外，还可能是角膜炎、青光眼等原因引起，这时应及时就医诊断。
总之，睡醒后眼睛疼要及时查找原因，根据具体情况进行相应的处理和治疗。