肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因直肠肛管周围脓肿自行破溃或切开引流后处理不当演变而来。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未规范治疗：当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果脓肿没有得到及时、彻底的治疗，脓液会不断聚集，可能会向周围组织蔓延，进而形成肛瘘。比如，肛周脓肿自行破溃后，外口愈合，但内部的感染通道依然存在，就容易发展为肛瘘。肛周脓肿类型影响：低位肛周脓肿相对更容易发展为简单的肛瘘，而高位、复杂性的肛周脓肿更易形成复杂的肛瘘。一般来说，高位肛周脓肿导致肛瘘的概率比低位的要高一些。
直肠肛门损伤致肛瘘
外伤引起：肛门部位受到外伤，如被异物戳伤、意外撞击等，若损伤了肛管直肠，细菌就容易侵入，引发感染，进而可能形成肛瘘。例如，有过肛门部位外伤史的人，后续发生肛瘘的风险会增加。医源性损伤：在一些医疗操作中，比如直肠指诊、肠镜检查等，如果操作不当造成肛管直肠损伤，也可能引发感染，导致肛瘘。不过这种医源性因素导致的肛瘘相对较少见，但也是需要注意的情况。
特异性炎症导致肛瘘
克罗恩病：这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，容易出现肠道炎症、溃疡等，进而引发肛瘘。据研究，约有10% - 20%的克罗恩病患者会并发肛瘘。溃疡性结肠炎：患有溃疡性结肠炎时，肠道黏膜会出现炎症、溃疡等病变，如果病变累及到肛管直肠周围，也可能引发感染，导致肛瘘的形成。而且溃疡性结肠炎病情长期不愈的话，肛瘘发生的风险会相应增加。