肛瘘主要是由肛周脓肿发展而来的，约有90%的肛瘘是因肛周脓肿破溃或切开引流后形成的后遗症。肛周脓肿是肛管直肠周围发生的急性化脓性感染，当脓肿自行破溃或经手术切开引流后，原发感染灶内的肛窦炎或肛腺感染依然存在，肠内的细菌可不断经内口进入脓腔，致引流不畅，创口久不愈合，进而形成肛瘘。
肛周脓肿未得到规范治疗引发
肛周脓肿初期： 当肛门直肠周围组织受到细菌感染，形成小的感染病灶，如果没有及时进行有效的抗感染治疗，感染灶会不断发展。比如，身体抵抗力相对较弱的人，感染容易扩散，炎症难以控制，就更容易发展为肛瘘。肛周脓肿处理不当： 如果肛周脓肿在治疗时，切开引流的位置不合适，或者引流不充分，脓腔没有完全清理干净，就会导致肛瘘形成。例如，切开的切口过小，脓液引流不彻底，残留的感染源持续刺激周围组织，就容易引发肛瘘。
肛门腺感染是重要诱因
肛门腺的位置与特点： 肛门腺位于肛管直肠周围，开口于肛窦。肛窦容易受到粪便的污染，一旦肛窦发生炎症，肛门腺就会被感染。比如，长期便秘的人，粪便干结容易擦伤肛窦，从而引发肛窦炎，进而波及肛门腺。肛门腺感染的蔓延： 肛门腺感染后，炎症会沿着组织间隙向周围蔓延。感染向上可蔓延至直肠周围，向下可波及肛周皮肤，形成肛周脓肿，若脓肿不及时处理，就可能发展为肛瘘。一般来说，儿童由于肛窦相对较浅，肛门腺感染的几率相对较高，相对更容易发生肛瘘相关问题。
特定疾病影响导致肛瘘
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，容易出现肛周病变，包括肛瘘。克罗恩病引起的肛瘘往往比较复杂，治疗也相对困难。患者除了肛瘘表现外，还可能有腹痛、腹泻等肠道症状。溃疡性结肠炎： 主要累及直肠和结肠黏膜及黏膜下层。病情严重时，也可能并发肛周脓肿和肛瘘。这类患者的肛瘘发生与肠道炎症的持续刺激有关，需要同时治疗肠道原发疾病和肛瘘问题。而且溃疡性结肠炎是一种慢性疾病，需要长期管理，肛瘘也可能会反复发作。