怀孕50天B超看不到孕囊可能由以下原因引起：
1.生理因素：
排卵和受精时间较晚：虽然末次月经时间确定了怀孕的时间，但实际受孕时间可能较晚，孕囊还未发育到可以通过B超看到的程度。
胚胎发育不良：受精卵在着床后，可能会因为某些原因而停止发育，导致孕囊无法正常生长。
2.病理因素：
宫外孕：受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育，最常见的是输卵管妊娠。由于孕囊着床位置异常，B超可能无法在子宫内看到孕囊。
其他：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫病变，或黄体功能不足、甲状腺功能减退等内分泌疾病，也可能影响孕囊的发育和着床。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合个人的具体情况和进一步的检查来确定。如果怀孕50天B超看不到孕囊，医生可能会建议进行以下检查：
1.血HCG和孕酮测定：可以了解孕激素水平，判断孕囊的发育情况。
2.超声检查：多次复查超声，观察孕囊的位置和发育情况。
3.其他检查：根据具体情况，可能还需要进行其他检查，如宫腔镜检查、腹腔镜检查等。
如果确诊为宫外孕或其他异常情况，医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。如果孕囊发育正常，只是时间较短尚未在B超下显现，医生可能会建议等待一段时间后再次复查B超。
在等待检查和进一步治疗的过程中，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活。同时，要保持良好的心态，遵循医生的建议进行检查和治疗。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。