脚趾甲旁边肿痛有脓包通常是甲沟炎所致。可通过多种方式治疗，包括局部外用药物、口服药物，若保守治疗无效或炎症严重还可采取手术治疗。
一、药物治疗：
1.外用药物：常用的有莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏等，同时需外涂碘伏以起到消炎杀菌作用。若是因甲癣继发的甲沟炎，应遵医嘱增加抗真菌药物，如酮康唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等。
2.口服药物：早期宜口服抗生素，如头孢、阿莫西林等以阻止感染扩散。经检查明确致病菌种后，可依据体外药敏结果选用敏感抗生素，若伴有真菌感染可服用伊曲康唑、制霉菌素等。
二、手术治疗：在利多卡因麻醉下进行脓包切开引流。如果是单侧皮下脓肿，可在甲沟外侧切开；若为双侧皮下脓肿，则需进行双侧引流。而对于甲根处脓肿，需要剥离部分甚至全部甲片，以实现充分引流脓液。术后给予口服抗生素控制感染。
总之，对于脚趾甲旁肿痛有脓包的情况，要根据具体病情选择合适的治疗方法，以促进康复。