胃肠道反应
四环素可能引发胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，这是因为它可能刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道正常的消化和吸收功能，尤其在空腹服用时更容易出现此类反应。
肝毒性
长期或大剂量使用四环素可能对肝脏造成损害，导致血清转氨酶升高、黄疸等肝毒性表现，这是由于药物需要经过肝脏代谢，可能加重肝脏负担。
对牙齿和骨骼的影响
儿童时期使用四环素，可能与钙结合，沉积在牙齿和骨骼中，导致牙齿变色（如黄染）、牙釉质发育不全以及骨骼生长抑制，因为儿童的牙齿和骨骼处于发育阶段，对药物的这种影响更为敏感。
过敏反应
少数人可能出现过敏反应，如皮疹、药热、血管神经性水肿等，这是机体对四环素产生的免疫反应，过敏体质者相对更易发生。
菌群失调
四环素属于广谱抗生素，在抑制有害菌的同时，也可能破坏肠道等部位的正常菌群平衡，导致真菌过度生长等菌群失调现象，比如引发念珠菌性口腔炎、阴道炎等。