早上起来腰部两侧酸痛的原因可能有以下几点：
1.床垫不合适：床垫过软或过硬都可能导致腰部支撑不足，引起酸痛。建议选择适合自己的床垫。
2.腰部肌肉劳损：长时间保持同一姿势、过度劳累或运动不当都可能导致腰部肌肉劳损，引起酸痛。可以通过热敷、按摩等方式缓解。
3.肾脏疾病：如肾炎、肾结石等，也可能导致腰部两侧酸痛。同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
4.脊柱疾病：如腰椎间盘突出、脊柱炎等，也可能引起腰部酸痛。还可能伴有下肢麻木、疼痛等症状。
5.妇科疾病：女性盆腔炎、宫颈炎等妇科疾病也可能导致腰部酸痛。同时可能伴有白带异常、下腹坠胀等症状。
如果腰部两侧酸痛持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，日常生活中要注意保持良好的姿势，避免过度劳累，适当运动，注意腰部保暖。