怀孕50天后B超检查看不到孕囊，可能有以下原因：
1.受孕时间较短：孕囊可能还没有发育到可以通过B超看到的大小。医生会建议过一段时间后再次进行B超检查，以确认孕囊的位置和发育情况。
2.宫外孕：受精卵着床在子宫以外的位置，如输卵管、卵巢等，也会导致B超检查看不到孕囊。这种情况比较危险，需要及时就医，采取相应的治疗措施。
3.胚胎发育不良：孕囊虽然存在，但胚胎可能存在发育问题，如胎停育等。这种情况下，孕囊的大小和形态可能与孕周不符，医生会结合其他检查结果来判断。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫疾病，或内分泌失调等因素，也可能影响孕囊的发育和B超检查结果。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合个人的具体情况和医生的进一步检查来确定。如果对检查结果有疑虑，应及时与医生沟通，了解更多信息，并遵循医生的建议进行进一步的检查或治疗。同时，在等待检查结果的过程中，应保持放松的心态，避免过度紧张和焦虑。