小孩胎记形成的原因目前尚未完全明确，不过主要与以下几方面因素有关。其中血管型胎记，像鲜红斑痣，是由于胚胎发育过程中，特定部位的血管异常增生所导致；而色素型胎记，比如太田痣，多是因为胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行过程中，发生了异常聚集。
血管型胎记的成因
鲜红斑痣： 这是较为常见的血管型胎记，它是因为胚胎发育早期，控制血管形成的基因出现了突变，使得局部的血管畸形增生，在皮肤表面就表现为淡红色或暗红色的斑块，而且随着孩子年龄增长，颜色可能会逐渐加深、增厚。草莓状血管瘤： 一般在出生后1 - 2个月内出现，是由于血管内皮细胞异常增殖引起的，通常为红色、柔软的肿块，可能会在数年内自行消退，但也有部分会持续存在甚至增大。
色素型胎记的成因
太田痣： 多发生在面部，尤其是眼周部位，是胚胎发育时，黑素细胞在从神经嵴向表皮移行的过程中，没有正常进入表皮，而是滞留在了真皮层，从而导致真皮内的黑素细胞增多，表现为蓝色、褐色等颜色的斑片。蒙古斑： 常见于婴幼儿的腰骶部，是胚胎发育时黑素细胞向表皮移动过程中，部分滞留在真皮深部所形成的，通常为灰青色或蓝黑色的斑块，一般在儿童期会自行消退。
其他可能因素
遗传因素： 有些胎记具有一定的遗传倾向，如果家族中有成员有胎记，那么小孩出现胎记的概率可能会相对高一些。比如某些遗传性综合征可能会伴有特定类型的胎记表现。孕期因素： 孕妇在怀孕期间的一些情况也可能会影响胎儿胎记的形成，例如孕期受到辐射、接触某些化学物质等，虽然这种情况相对较少见，但也不能完全排除对胎儿皮肤发育产生影响，进而导致胎记出现。