三个月宝宝流眼泪可能由以下原因导致：
一、外部刺激：如果宝宝所处环境存在刺激性物质，像刺激性气味、洋葱、大蒜等，就可能刺激宝宝眼部，致使其眼部出现流泪、刺痛等症状。这时应带宝宝远离这类刺激性环境，并多开窗通风，保持空气清新。
二、结膜炎：一般是由细菌或病毒感染引起，炎症对结膜的侵袭会使宝宝出现流泪、眼睛有烧灼感等反射性反应。针对这种情况，家长通常可在医生指导下给宝宝使用利巴韦林滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物进行治疗。
三、先天性泪道阻塞：若宝宝泪道发育不良，泪液引流不畅，就可能出现眼睛流泪、眼部有分泌物等状况。对此，家长通常可根据医嘱给宝宝使用红霉素眼膏、阿昔洛韦滴眼液等药物来缓解症状。
总之，当三个月宝宝出现流眼泪的情况时，要注意观察并查找原因，必要时及时就医，以便采取合适的治疗措施。