瘘管和窦道主要有以下区别：
一、开口数量不同：
1.瘘管通常有两个或两个以上开口，是在器官与器官之间或器官与体表之间形成的相通病理性管道，存在内口和外口，一头在体表，一头在空腔脏器。
2.窦道仅有一个开口，其开口于体表，或是形成只有一个开口的与体内空腔脏器相通的盲管。
二、产生原因不同：
1.瘘管形成主要与机械压迫、先天性以及感染等有关，比如肛门瘘管，就是肛门周围皮肤与肛管直肠相通而形成的感染性管道，外口位于肛门周围皮肤上，内口位于齿线，两头相通致使病情反复发作且迁延不愈。
2.窦道形成主要是因感染，机体遭受感染后未及时得到治疗从而形成窦道，像骨结核、皮肤结核等遭受感染后可形成结核窦道。
总之，瘘管和窦道在开口数量和产生原因上存在明显差异，可通过这些方面对两者进行区分。