眼睛有滤泡，其是否能自愈需具体分析原因。如果是因眼睛过度疲劳导致，有可能自愈；若因结膜炎引起，则不会自行痊愈。
一、用眼过度导致的滤泡：眼睛有滤泡常见于用眼过度、眼睛过度疲劳的情况。此时通过热蒸汽湿敷或熏蒸，能促进眼部淋巴循环，是有自愈可能的。
二、滤泡性结膜炎导致的滤泡：当患者眼睛的滤泡是由滤泡性结膜炎造成，也就是眼结膜受到细菌或病毒感染，导致结膜组织出现滤泡形成。这种情况下，滤泡不会自行痊愈，需要配合相应治疗。可以使用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦凝胶、普拉洛芬滴眼液等药物。严重时可到正规医院请专业医生进行滤泡刮除，否则时间久了会形成睑结膜瘢痕化，进而导致严重干眼症，那时治疗会更加困难。
总之，眼睛出现滤泡能否自愈，必须根据具体情况来判断和分析。