眼睛有滤泡是否可以自愈，需要根据滤泡的原因和具体情况来判断。一般来说，滤泡可能是由以下原因引起的：
1.感染：如结膜炎、沙眼等，可以通过使用抗生素或抗病毒药物治疗来消除滤泡。
2.过敏：过敏反应也可能导致滤泡形成，治疗方法包括避免过敏原、使用抗过敏药物等。
3.其他原因：如自身免疫性疾病、长期佩戴隐形眼镜等。
对于一些轻微的滤泡，可能会在没有治疗的情况下自行消退。但是，如果滤泡引起了明显的症状，如眼部疼痛、红肿、视力模糊等，或者滤泡持续存在或加重，建议及时就医。医生会根据具体情况进行诊断，并制定相应的治疗方案。
在等待自愈的过程中，需要注意以下几点：
1.保持眼部清洁：使用生理盐水或医生建议的眼部清洁液清洗眼睛，避免感染加重。
2.避免刺激：避免揉眼、过度用眼、佩戴隐形眼镜等，以免加重症状。
3.注意休息：保证充足的睡眠，避免熬夜和过度劳累。
4.就医复诊：按照医生的建议定期复诊，以便及时了解滤泡的变化情况。
需要注意的是，对于某些特殊人群，如儿童、老年人、免疫功能低下者等，滤泡的处理可能需要更加谨慎。此外，如果滤泡与其他眼部疾病同时存在，如角膜炎、虹膜炎等，治疗可能会更加复杂。
因此，如果发现眼睛有滤泡，最好及时就医，以便获得准确的诊断和治疗建议。医生会根据具体情况制定个性化的治疗方案，以确保眼部健康。