眼睛有滤泡的情况能否自愈需要具体分析原因。
一、如果是因为眼睛过度疲劳导致的，那么这种情况下眼睛有滤泡是较为常见的，是由于用眼过度引起眼睛过度疲劳所致。此时若采用热蒸汽湿敷或熏蒸等方式，促进眼部淋巴循环，是有可能自愈的。
二、但要是患者眼睛的滤泡是因为滤泡性结膜炎引起，也就是眼结膜遭受细菌或病毒感染，导致结膜组织出现滤泡形成。在这种状况下，眼睛的滤泡不会自行痊愈，应当配合相应治疗。可以使用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦凝胶、普拉洛芬滴眼液等药物进行治疗。严重时还需到正规医院请专业医生进行滤泡刮除，不然时间久了会形成睑结膜瘢痕化，进而导致严重的干眼症，那时治疗会更加困难。所以，眼睛有滤泡能不能自愈确实要根据具体原因来详细判断。
总之，眼睛有滤泡的自愈情况取决于其产生的原因，不同原因导致的滤泡有不同的处理方式和预后。