月经干净第一天同房两天后出血，可能与以下因素有关。
1.子宫内膜未修复好：月经刚结束时，子宫内膜还未完全修复，此时同房可能会刺激子宫收缩，导致尚未修复好的子宫内膜再次出血。
2.妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤等，这些疾病可能导致同房后出血。
3.内分泌失调：内分泌失调也可能导致月经不规律，出现同房后出血的情况。
4.其他：服用避孕药、放置宫内节育器等也可能引起这种现象。
如果出血量较少，没有其他不适症状，可以先观察。但如果出血量较多、持续时间较长，或伴有腹痛、瘙痒等不适，应及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
此外，需要注意的是，同房时应注意卫生，避免过度用力，同时也要注意动作轻柔，以免引起不适或损伤。如果有任何异常情况，应及时就医，以便早发现、早治疗。