扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌，约10%-30%的扁桃体炎是由该菌导致的。
病原体感染导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引发扁桃体发炎。这些细菌通常存在于人的口腔、咽部等部位，当人体抵抗力下降时，如受凉、过度劳累等，细菌就会大量繁殖，侵袭扁桃体，引发炎症。比如在季节交替时，人体免疫力可能会暂时降低，这时候就容易受到细菌感染而出现扁桃体发炎。病毒感染： 病毒也是引起扁桃体发炎的重要原因，像EB病毒、鼻病毒、腺病毒等都可能导致。例如EB病毒感染，不仅会引起扁桃体发炎，还可能伴有发热、咽痛、淋巴结肿大等症状。一般病毒感染引起的扁桃体发炎具有一定的自限性，但也需要进行相应的对症处理。
免疫力低下相关
儿童群体： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成年人更容易受到病原体的侵袭。比如3-10岁的儿童，扁桃体处于活跃期，接触外界病原体的机会较多，如果自身免疫力较弱，就容易发生扁桃体发炎。而且儿童如果平时挑食、缺乏运动等，也会进一步降低免疫力，增加患病风险。老年人： 老年人随着年龄的增长，身体各项机能衰退，免疫力也会下降。同时，老年人可能还伴有一些基础疾病，如糖尿病、慢性阻塞性肺疾病等，这些都使得他们更容易患上扁桃体发炎。比如一位患有糖尿病的老年人，血糖控制不佳时，身体抵抗力下降，就更易受到细菌或病毒的感染引发扁桃体炎症。
环境因素影响
气候因素： 寒冷的天气会刺激人体，使呼吸道局部血液循环不畅，抵抗力降低。例如在寒冷的冬天，如果不注意保暖，人体的上呼吸道黏膜血管收缩，防御功能下降，病原体就容易入侵扁桃体。干燥的空气也会对扁桃体黏膜产生刺激，导致其抵抗力减弱，增加扁桃体发炎的可能性。生活环境拥挤： 在学校、军营等人群密集的场所，病原体容易传播。比如在学校里，如果有同学患上扁桃体发炎，其携带的病原体就可能通过空气飞沫、密切接触等方式传播给其他同学，导致更多人发病。另外，长期处于污染的环境中，如空气中含有较多的粉尘、有害气体等，也会损害扁桃体的黏膜，使扁桃体容易受到病原体的感染而发炎。