扁桃体发炎主要由病原微生物感染引起，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎病因的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要因素，像EB病毒、鼻病毒等都可能导致，不过病毒引起的扁桃体炎通常病情相对较轻。
一、细菌感染引发扁桃体发炎
A组乙型溶血性链球菌感染： 这种细菌很容易在人体抵抗力下降时入侵扁桃体。比如当身体疲劳、受凉后，抵抗力降低，A组乙型溶血性链球菌就会乘虚而入，在扁桃体部位大量繁殖，引发炎症反应，出现扁桃体红肿、疼痛等症状。葡萄球菌感染： 金黄色葡萄球菌等葡萄球菌也可导致扁桃体发炎。它们会附着在扁桃体表面，释放毒素，刺激扁桃体组织，引起炎症，使得扁桃体充血、肿胀，可能还会有化脓现象。
二、病毒感染导致扁桃体发炎
EB病毒感染： EB病毒感染后，除了可能引起传染性单核细胞增多症外，也常累及扁桃体，导致扁桃体发炎，患者会有咽部疼痛、扁桃体肿大等表现，同时可能伴有发热、乏力等全身症状。鼻病毒感染： 鼻病毒是引起普通感冒的常见病原体之一，当它感染人体并累及扁桃体时，也会引发扁桃体发炎，一般症状相对较轻，主要表现为扁桃体轻度红肿、稍有疼痛等。
三、免疫力低下易诱发扁桃体发炎
儿童群体： 儿童的免疫系统还未完全发育成熟，相对比较脆弱，更容易受到病原微生物的侵袭。比如3~10岁的儿童，扁桃体处于发育阶段，免疫力相对较低，所以这个年龄段的孩子扁桃体发炎的几率相对较高。老年人： 老年人随着年龄增长，身体的免疫力逐渐下降，各器官功能也有所衰退，同样容易受到细菌和病毒的感染，从而引发扁桃体发炎。而且老年人一旦发生扁桃体发炎，恢复相对较慢。长期劳累人群： 长期过度劳累会使身体的抵抗力下降，像一些经常熬夜、工作压力大的人，身体处于疲劳状态，抗病能力减弱，病原微生物就容易趁机侵犯扁桃体，导致发炎。