长期服用短效避孕药一般在规范使用下危害相对可控，但也存在一些可能的影响。一般来说，规范服用时其副作用发生率相对较低，但不同人反应有差异。
可能出现的短期身体反应
类早孕反应： 约有10% - 20%的人在服药初期可能出现类早孕反应，表现为恶心、呕吐、头晕、乏力等类似怀孕早期的症状，一般持续1 - 3个月后会逐渐减轻或消失。阴道不规则出血： 部分人在服药期间可能出现少量阴道出血，又称突破性出血，通常在服药前几个周期比较常见，随着服药时间延长，多数会逐渐适应。
对月经周期的影响
月经周期改变： 短效避孕药会调节女性内分泌，大多数人服用后月经周期会变得规律，经期可能缩短，经量也可能减少。不过也有少数人会出现月经周期延长或缩短的情况，但一般在可接受范围内。闭经： 极少数人长期服用后可能出现闭经情况，若停药后一段时间仍未恢复月经，需就医检查，排除其他问题。
对健康的潜在长期影响
对代谢的影响： 有研究显示，少数长期服用短效避孕药的人可能会出现体重轻微增加，这与个体对药物的代谢反应差异有关；也有部分人血脂可能会有轻微变化，但一般不会出现严重的血脂异常情况。对生殖系统的影响： 长期服用短效避孕药后，停药一般不影响女性的生育能力，多数女性停药后可正常受孕，而且还有研究表明，长期服用短效避孕药可能对子宫内膜癌、卵巢癌等有一定的预防作用，但这是基于大规模流行病学研究得出的结论，具体机制还在进一步研究中。
适用人群及禁忌情况
适用人群： 健康的育龄女性，没有严重肝肾功能不全、心脏病、高血压、血栓性疾病等情况的，可以在医生评估后考虑服用短效避孕药来避孕。禁忌人群： 患有严重肝脏疾病、乳腺癌、子宫内膜癌等疾病的女性禁止服用；有静脉血栓病史、脑梗死病史等血栓高危因素的女性也不宜服用；年龄大于35岁且吸烟的女性服用短效避孕药会增加血栓风险，一般不建议使用。