耳朵囊肿的成因较多，常见的比如先天性因素，胚胎发育过程中可能出现结构异常，导致局部形成囊肿；还有外伤因素，耳部受到外力撞击等伤害后，局部组织修复过程中可能形成囊肿；另外感染因素也可能引发，耳部发生炎症后，炎症刺激导致组织液积聚形成囊肿。
先天性因素相关
胚胎发育阶段： 在胚胎发育的早期，耳部组织的分化如果出现异常，就可能导致局部形成囊肿样结构。这种先天性的问题从胚胎形成时期就已经存在，不过很多时候可能在出生后才被发现。遗传倾向： 虽然具体的遗传机制还不完全明确，但有研究发现部分耳朵囊肿可能存在一定的家族遗传倾向，如果家族中有亲属出现过耳朵囊肿情况，那么其他人患病的风险可能会相对高一些。
外伤因素相关
外力撞击： 当耳部受到如头部碰撞、被钝器击打等外力撞击时，耳部的软组织等可能会受到损伤，局部的血管、淋巴管等结构可能出现破裂或堵塞等情况。例如，在运动过程中不小心撞到耳部，就有可能引发耳朵囊肿。医源性外伤： 一些耳部的医疗操作过程中，如果操作不当也可能导致外伤进而引发囊肿。比如耳部的手术过程中，对局部组织的处理不当，可能会引起组织液的异常积聚形成囊肿。
感染因素相关
耳部炎症感染： 当耳部发生细菌、病毒等感染时，炎症会刺激耳部的组织，导致组织液渗出、积聚。比如外耳道炎反复发作，炎症波及周围组织，就可能引发耳朵囊肿。局部感染扩散： 身体其他部位的感染如果扩散到耳部，也可能引起耳部组织的炎症反应，进而形成囊肿。例如面部的感染蔓延至耳部，就可能导致耳部出现囊肿样病变。