耳朵上长囊肿的常见原因有以下几类：首先是先天性因素，比如先天性耳前瘘管感染后形成囊肿，这是由于胚胎发育时期鳃裂组织残留导致的，这种情况在人群中约有1% - 2%的发生率。
感染因素引起
耳部皮肤感染：如果耳朵部位的皮肤受到细菌等病原体感染，在炎症反复刺激下，可能会形成囊肿。例如金黄色葡萄球菌感染，会引发局部的炎症反应，导致组织液渗出、积聚，进而形成囊肿。一般感染后如果没有得到及时有效的治疗，随着时间推移就可能逐渐发展为囊肿。中耳炎蔓延：患有中耳炎时，炎症有可能蔓延到耳朵周围组织，从而引起囊肿。中耳炎如果长期不愈，炎症因子扩散，会影响到耳部周围的结缔组织等，导致组织异常增生、液体潴留形成囊肿。
外伤因素导致
耳部受到外伤：比如耳部受到撞击、挤压等外伤，受伤部位在恢复过程中可能会形成囊肿。外伤会导致局部的血管破裂、组织损伤，随后出现组织修复过程中的异常情况，如组织液包裹等形成囊肿。例如耳朵被外力撞击后，局部出现血肿，血肿机化过程中可能会形成囊肿样结构。
皮脂腺囊肿相关
皮脂腺排泄受阻：耳朵部位的皮脂腺如果排泄管受到阻塞，皮脂腺分泌物积聚就会形成囊肿。皮脂腺分泌的皮脂无法正常排出，在局部淤积，逐渐形成囊肿，这种囊肿通常呈圆形，大小不等，小的如米粒，大的可如花生米。一般皮脂腺囊肿生长缓慢，但如果发生感染，就会出现红肿、疼痛等症状。