手上跖疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-1型等亚型。一般来说，当皮肤有破损，接触到HPV病毒后就容易被感染从而长出手跖疣。
病毒传播途径方面
直接接触传播： 比如直接接触了患有跖疣人群的患处，就有可能被感染。要是和长跖疣的人共用毛巾、拖鞋等个人物品，也有感染风险。间接接触传播： 在公共浴室、游泳池等公共场所，接触了被HPV污染的地面、物品等，也可能感染病毒引发手上跖疣。
自身因素影响方面
皮肤破损： 当手部皮肤有微小破损时，比如被划伤、擦伤等，这时候HPV就更容易侵入皮肤细胞，从而增加长跖疣的几率。像经常做家务，手部皮肤容易有小损伤的人，相对更易长跖疣。免疫力低下： 当人体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有某些基础疾病导致免疫力下降等情况，身体对HPV的抵御能力变弱，就更容易感染HPV进而长出跖疣。比如长期熬夜的人，免疫系统功能会受到影响，感染HPV长跖疣的可能性就会增加。
环境因素影响方面
潮湿环境： 手部长期处于潮湿的环境中，比如经常洗手后没有擦干，或者工作环境比较潮湿等，这样的环境有利于HPV病毒的存活和传播，增加长跖疣的风险。比如在潮湿的工厂工作的人，手部经常接触水，皮肤处于潮湿状态，就更容易感染HPV长跖疣。摩擦刺激： 手部经常受到摩擦刺激，比如从事需要频繁用手劳作的工作，像建筑工人、手工劳动者等，手部皮肤不断受到摩擦，容易造成微小破损，为HPV感染创造条件，进而引发手上跖疣。例如建筑工人长期用手搬砖等，手部皮肤频繁摩擦，长跖疣的概率相对较高。