子宫内膜异位症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前研究发现，子宫内膜异位症的发生可能与以下因素相关：
遗传因素
家族遗传倾向： 约15%的子宫内膜异位症患者有家族史。如果一级亲属（如母亲、姐妹）患有子宫内膜异位症，那么本人患病的风险会比普通人群高。研究表明，遗传因素可能通过影响免疫系统、激素代谢等方面，增加子宫内膜异位症的发病几率。基因相关： 一些特定基因的突变或多态性可能与子宫内膜异位症的发生有关。例如，与细胞黏附、激素调节等相关的基因发生变化时，可能干扰子宫内膜组织的正常代谢和定位，导致子宫内膜异位症的发生。
经血逆流种植
经血逆流机制： 在月经期间，部分子宫内膜碎片可随经血通过输卵管逆流进入盆腔。据统计，约有10% - 15%的女性存在经血逆流现象，但并不是所有经血逆流的女性都会患上子宫内膜异位症，这说明还有其他因素参与。盆腔微环境改变： 当经血逆流至盆腔后，盆腔的微环境会发生改变。例如，腹腔液中的一些免疫细胞、细胞因子等会发生变化，影响子宫内膜碎片的种植和存活。如果盆腔局部的免疫监视功能降低，就更容易让异位的子宫内膜碎片定植生长，从而引发子宫内膜异位症。
免疫炎症因素
免疫系统异常： 子宫内膜异位症患者的免疫系统存在异常。例如，自然杀伤细胞（NK细胞）的活性降低，NK细胞具有清除异位子宫内膜细胞的作用，其活性降低就不利于清除异位的内膜组织，使得内膜组织得以在盆腔等部位种植生长。炎症反应参与： 异位的子宫内膜会刺激盆腔局部发生炎症反应。炎症因子如前列腺素、白细胞介素等会增多，这些炎症因子会促进子宫内膜细胞的生长、黏附以及血管形成等，进一步推动子宫内膜异位症的发展。比如前列腺素会导致子宫平滑肌过度收缩，使得经血更容易逆流，同时还能促进异位内膜的生长。
其他因素
内分泌因素： 雌激素水平过高可能促进子宫内膜异位症的发展。子宫内膜异位的组织依赖雌激素生长，高水平的雌激素会刺激异位的内膜组织不断增殖。例如，长期服用雌激素类药物或者患有雌激素分泌相关疾病的女性，患子宫内膜异位症的风险可能会增加。环境因素： 一些环境污染物也可能与子宫内膜异位症的发生有关。比如长期接触某些化学物质，可能干扰体内的激素平衡和免疫系统功能，从而增加患病风险。但目前关于环境因素与子宫内膜异位症的具体关联机制还在进一步研究中。