矮小症是指儿童的身高低于同性别、同年龄、同种族儿童平均身高的2个标准差（-2SD），或低于第3百分位数。引发矮小症的原因较多，主要有以下几类：
遗传因素引发
父母身高影响： 如果父母双方都比较矮小，那么孩子遗传到矮小基因的概率相对较高。据统计，遗传因素导致的矮小症约占全部矮小症的70%左右。比如父母身高都处于较矮的范围，孩子的身高增长往往会受到遗传限制，生长潜力相对较小。基因缺陷问题： 某些单一基因的缺陷也可能导致矮小症。例如一些与生长激素分泌、作用相关的基因发生突变，会影响身体的生长发育过程。这种由基因缺陷引起的矮小症相对较为罕见，但一旦存在，对孩子身高的影响较为明显。
内分泌因素导致
生长激素缺乏： 生长激素是促进人体生长的重要激素。如果垂体分泌生长激素不足，就会引发矮小症。儿童期生长激素缺乏的患儿，身高增长会明显缓慢，每年身高增长通常低于4厘米。常见于垂体发育异常等情况导致生长激素分泌减少。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对儿童的生长发育也起着关键作用。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢和生长发育过程，导致孩子生长迟缓，身材矮小，同时还可能伴有智力发育迟缓等问题。
疾病因素相关
慢性疾病影响： 一些慢性疾病会消耗身体能量，影响营养物质的吸收和利用，从而阻碍生长。比如患有先天性心脏病的儿童，长期心脏功能不佳，影响身体的血液循环和营养供应，会出现生长落后的情况；还有患慢性肾病的孩子，由于肾脏功能受损，体内代谢紊乱，也会影响身高增长。染色体异常疾病： 像特纳综合征，这是一种常见的染色体异常疾病，主要发生在女性患儿身上。患儿染色体存在异常，会出现身材矮小、青春期第二性征发育不良等表现，身高通常明显低于正常同龄女孩。
营养与生活因素所致
营养摄入不足： 如果儿童长期营养不良，缺乏蛋白质、钙、锌等重要营养素，会影响骨骼的生长和身体的发育。例如长期挑食、偏食的孩子，摄入的营养不能满足身体生长需求，就容易出现矮小的情况。一般来说，每日蛋白质摄入量不足会直接影响身体细胞的更新和生长，钙缺乏会影响骨骼的钙化，锌缺乏会影响生长激素的合成等。睡眠不足影响： 儿童在睡眠过程中会分泌大量生长激素，对身高增长至关重要。如果孩子长期睡眠不足，比如学龄前儿童每天睡眠少于10小时，就会影响生长激素的分泌，进而影响身高增长。因为生长激素在深睡眠期分泌达到高峰，长期睡眠不充足会干扰生长激素的正常分泌节律，阻碍身体的正常生长发育。