早晨醒来嗓子有痰可能由多种原因引起。比如，上呼吸道感染后，大概1-2周内可能会遗留有少量痰液，刺激咽喉导致晨起有痰。
一、鼻部疾病导致
鼻窦炎：鼻窦黏膜发炎时会分泌较多脓性分泌物，这些分泌物可倒流至咽喉部，从而导致早晨醒来嗓子有痰。一般鼻窦炎患者除了晨起有痰，还可能伴有鼻塞、头痛等症状，病程可能会持续数周甚至更长时间。过敏性鼻炎：过敏体质的人接触过敏原后，鼻腔会分泌大量黏液，也可能流到咽喉，引起早晨嗓子有痰。通常在接触花粉、尘螨等过敏原后容易发作，会有鼻痒、打喷嚏等伴随症状。
二、咽喉部自身问题
慢性咽炎：咽部黏膜慢性炎症，会使腺体分泌增多，导致早晨醒来嗓子有痰。患者常感觉咽部有异物感，咳不出又咽不下，病程较长，可能数月甚至数年。咽喉反流：胃内容物反流至咽喉，刺激咽喉黏膜，引起黏液分泌增加，出现晨起有痰的情况。一般还会伴有烧心、反酸等胃部不适症状，尤其在平卧后更容易发生反流。
三、下呼吸道疾病
慢性支气管炎：多见于长期吸烟或接触有害气体的人群，支气管黏膜反复炎症，分泌较多痰液，早晨起床后体位改变会刺激排痰，导致嗓子有痰。一般病程较长，每年发病持续3个月以上，连续2年或更长时间。肺炎恢复期：肺炎患者在恢复期可能仍会有少量痰液，经过一段时间才会完全吸收。比如细菌性肺炎经过抗生素治疗后，可能还需要1-2周来恢复，期间晨起可能会有痰。